Bonjour,
Pour la nouvelle Calédonie, il existe une "Flore de la nouvelle calédonie et dépendances" mais elle est composée d'un grand nombre de volume mais n'est pas finie (il doit y avoir 23 ou 24 volumes publiés), mais aucun volume n'est en ligne.
Vous pouvez aussi trouver, ponctuellement des travaux sur des genres de la flore néo-calédonienne, dans lesquels il y a des clés. par exemple, pour les Araucariaceae : https://agritrop.cirad.fr/547096/1/BFT_298_89-95.pdf ou le genre Thiollierea (Rubiaceae) : http://sciencepress.mnhn.fr/sites/default/files/articles/pdf/a2011n1a9.pdf
Le site de endemia.nc peut aussi permettre de faire un tri rapide entre espèces, sur la base de quelques caractères (couleur des fleurs, port, habitat) , c'est ici : http://endemia.nc/search?section=flore&rank=Espece mais ce n'est pas tout à fait une clef.
Par rapport à votre autre proposition, c'est à dire de retenir une plante dans un guide puis d'utiliser la flore de Bonnier pour atteindre la famille, ce ne sera pas si évident car il vous faudrait disposer d'informations sur certaines caractéristiques de votre plante (et de la famille) telles que la soudure des pétales, la position de l'ovaire etc.. qui ne sont pas forcément illustrées. Par contre vous pourriez tenter de prendre une illustration telle que celle ci :
car elle présente de nombreux détails et pourrait vous servir pour répondre aux questions de la clef
cordialement
Valéry Malécot